Akvaryum Koyu, geçmişten günümüze birçok medeniyete ev sahipliği yapmış bir bölgedir. Antik kalıntılar ve denizcilerin hikayeleriyle dolu bu koylar, tarih boyunca deniz yollarının önemli durakları olmuştur. Farklı Akvaryum Koyları, yerel efsaneler ve tarihsel olaylarla zenginleşmiş, denizcilerin güvenli sığınakları haline gelmiştir. Bu bağlamda, Akvaryum Koyu'nun tarihi, denizcilik kültürü ve yerel yaşamın izlerini taşımaktadır.

Akvaryum Koyu'nun tarihi hakkında bazı bilgiler şu şekildedir:

• Bodrum Akvaryum Koyu: Koyun çevresinde, Likya uygarlığından kalma antik kalıntılar bulunmaktadır. Özellikle koyun yakın bölgelerinde su altında kalmış eski yapı taşları ve kalıntılar görülebilmektedir. Bu durum, Akvaryum Koyu'nun tarih boyunca denizciler ve tüccarlar için önemli bir durak olduğunu göstermektedir.
• Bozcaada Akvaryum Koyu: Bölgenin, eski zamanlarda teknecilerin ve denizcilerin fırtınalı havalarda sığındıkları, erzak depoladıkları ve özellikle peksimet stoklarını tazeledikleri bir liman görevi gördüğü rivayet edilmektedir. "Peksimet" kelimesi, denizcilik ve askerlik hayatında önemli bir yer tutan, uzun süre dayanıklı, fırında iki kez pişirilmiş sert ekmek anlamına gelir.
• Göcek Akvaryum Koyu: Koyun, Likya Yolu’na yakın bölgelerde bulunması, buranın tarih boyunca önemli bir yerleşim yeri olduğunu göstermektedir.

Akvaryum koylarının tarihi hakkında daha fazla bilgiye ulaşılamamıştır.