Alibey (Cunda) Adası, tarihi boyunca farklı medeniyetlerin izlerini taşımaktadır. Antik Yunan dönemine dayanan kökleri, ada üzerinde yerleşmiş çeşitli kültürel ve dini yapılarıyla zengin bir geçmiş sunmaktadır. Özellikle Bizans ve Osmanlı dönemlerinde önemli bir ticaret ve yerleşim merkezi haline gelen Cunda, günümüzde bu tarihi mirasıyla ziyaretçilerini etkilemektedir. Adanın geçmişindeki zenginlik, modern dönemde de kendini hissettirmekte ve Alibey adıyla anılmaya devam etmektedir.

Alibey (Cunda) Adası'nın tarihi hakkında şunlar bilinmektedir:

• Antik Çağ. Cunda'nın tarihi, Antik Yunan dönemine kadar uzanır. O dönemlerde "Nasos" ve "Pordoselene" gibi isimlerle anıldığı bilinmektedir.
• Bizans ve Osmanlı Dönemi. Bizans döneminde ada, dini yapılar ve manastırlarla ön plana çıkmıştır. 18. ve 19. yüzyılda önemli bir Rum yerleşimi haline gelmiş ve bu dönemde adaya taş sokaklar, kiliseler, taş evler ve zeytinyağı fabrikaları inşa edilmiştir. Osmanlı döneminde ise ada, ticaretin canlandığı, tarım ve denizcilikle öne çıkan bir merkez haline gelmiştir.
• Modern Dönem. 1922'den sonra adaya, Kurtuluş Savaşı kahramanlarından Ali Çetinkaya'nın onuruna "Alibey" adı verilmiştir.

Alibey Adası, 1976 yılında doğal ve tarihi sit alanı olarak kabul edilmiştir.