Alacahöyük, tarih öncesi dönemlere ışık tutan önemli bir arkeolojik alan olarak, kazı sürecinin başlangıcından günümüze kadar birçok bilim insanının ilgisini çekmiştir. Bu antik yerleşim yeri, ilk olarak 19. yüzyılda keşfedilmiş ve zamanla yapılan sistematik kazılarla zengin tarihi kalıntılar ortaya çıkarılmıştır. Alacahöyük'teki kazıların tarihi, hem yerel hem de uluslararası arkeoloji açısından büyük bir öneme sahiptir.

Alacahöyük'teki kazıların tarihi şu şekildedir:

• İlk keşif: 1835 yılında İngiliz jeolog William John Hamilton tarafından yapılmıştır.
• İlk bilimsel kazı: 1907 yılında İstanbul Arkeoloji Müzesi'nden Theodor Makridi tarafından gerçekleştirilmiştir.
• Türkiye Cumhuriyeti adına ilk milli kazı: 1935 yılında Mustafa Kemal Atatürk'ün emriyle, Dr. Hamit Zübeyir Koşay ve Remzi Oğuz Arık'ın başkanlığında başlanmıştır.
• Günümüzdeki kazı başkanı: 2021 yılından itibaren Prof. Dr. Tayfun Yıldırım'dır.

Kazılar, 1983 yılında Prof. Dr. Aykut Çınaroğlu'nun kazı başkanlığını bırakmasına kadar devam etmiştir. 1996 yılında Prof. Dr. Aykut Çınaroğlu'nun yeniden başlamasıyla, 2019 yılında Çınaroğlu'nun vefatına kadar sürmüş, ardından 2021'den itibaren Prof. Dr. Tayfun Yıldırım tarafından yürütülmektedir.