Afyon Hüdai Kaplıcaları, antik çağlardan günümüze uzanan derin bir geçmişe sahiptir. Bu kaplıcalar, sadece bir sağlık kaynağı olmanın ötesinde, tarih boyunca birçok medeniyetin ilgi odağı haline gelmiş ve çeşitli kültürel etkilerle şekillenmiştir. Friglerden Roma ve Osmanlı İmparatorluğu'na kadar uzanan bu süreçte, kaplıcaların sunduğu şifalı sular, pek çok insanın sağlığına kavuşmasına yardımcı olmuştur.

Afyon Hüdai Kaplıcaları'nın tarihi, yaklaşık 2000 yıl öncesine dayanmaktadır. Kaplıcanın tarihsel süreci:

• Frigler Dönemi: Kaplıcalar, Frigler döneminde "Şifalı Frigya" (Frigya Salutaris) olarak adlandırılmıştır.
• Roma, Bizans ve Osmanlı Dönemleri: Kaplıca, bu dönemlerde de şifa merkezi olarak kullanılmıştır.
• Aziz Michel: İlk Hristiyanlık devrinde Hieropolis (Koçhisar) Başpiskoposu Saint Michel, hastaları kaplıcada tedavi ederek ün kazanmış ve bölge "mukaddes şehir" sayılmıştır.

Kaplıcanın tarihi geçmişi, bölgedeki eski hamam kalıntılarıyla da görülmektedir.