Akçakese Köyü, tarihi boyunca pek çok medeniyete ev sahipliği yapmış bir yerleşim alanıdır. 1071 Malazgirt Zaferi sonrasında Anadolu'ya gelen Türkmenlerin yerleşmesiyle köy, "Akçakilise" adıyla anılmaya başlamıştır. Zamanla farklı isimlendirmelerle kayıtlarda yer bulmuş, Osmanlı döneminde ise önemli tahrir defterlerinde yer almıştır. Günümüzde, köyün tarihi zenginliği, geçmişten günümüze uzanan kültürel mirasın bir parçası olarak dikkat çekmektedir.

Akçakese Köyü'nün tarihi hakkında şu bilgiler verilebilir:

• 1071 Malazgirt Zaferi. 1071'den sonra Anadolu'ya giren Türkmen taifesi, Akçakese'ye yerleşmiş ve köy "Akçakilise" adını almıştır.
• 1463 tarihli tahrir defteri. Bu defterde, köyün "Akçakilise" olarak geçtiği ve Yabanabad (Kızılcahamam) kazasına bağlı olduğu belirtilmiştir.
• 1530 tarihli Muhasebe-i Vilayet-i Anadolu Defteri. Köyün yine "Akçakilise" olarak anıldığı ve Çubuk kazası, Ankara livası, Anadolu beyliğine bağlı olduğu kaydedilmiştir.
• 1830 kayıtları. Bu tarihte köyün iki farklı "Akçakilise" olarak geçtiği, birinin Yabanabad, diğerinin ise Şorba (Pazar Köyü) kazasına bağlı olduğu görülmüştür.
• 1915. Köy, Kızılcahamam ilçe merkezine bağlanarak "Akçakese" ismini almıştır.

Akçakese'nin, Türk dönemi öncesine ait Paflagonya, Roma ve Bizans dönemine ait tarihi eserler de bulunmaktadır.